Le diagnostic n'est pas toujours facile pour les medecins qui n'ont pas l'expérience de la ciguatera.
La société américaine de medecine tropicale ASTMH a lors de son 49th annual meeting cité le test du Dr. Shoemaker, du Pfiesteria Illness Center, McCready Outpatient Systems, Pocomoke, Maryland. C'est un simple test visuel dénommé visual contrast sensitivity (VCS), qui à partir de la mesure la capacité de distinction entre le blanc, gris et noir, assurerait un diagnostic sûr.